本學程設立之目標與宗旨如下：

(一)     毒理學碩士學位學程設立目標，透過學術研究成果、並在預防、醫療上提供更有效的照護與產業化，解決國人毒理相關健康問題，促進民眾福祉。

(二)     結合本校毒理相關優異領域，即藥學、毒理學及臨床醫學，以從事跨領域研究，提升論文之數量與品質。

(三)     培育碩士研究生成為國際級優秀毒理學研究人才，並兼具毒理及臨床研究設計與基礎毒理與分子生物研究方法，進而推動醫學研究，將研究所得成果知識刊登於國際期刊；同時期盼研究生，能兼具人文關懷之涵養，注重倫理道德，並有團隊合作精神，最後將學術成果應用於社會教育，促進人類健康，善盡醫學大學之社會責任。

(四)     南台灣工業區特有的職業疾病，與因環境污染所引起之疾病，並發展環境毒理研究特色。本校地理環境特殊，位居石化工業區，提供環境毒理研究很好的研究平台，對於特有疾病如慢性疾病、職業病、及代謝疾病、癌症等之研究有其責任與使命。

(五)     落實研究成果與相關產業結合，創造經濟價值。

  本毒理學碩士學位學程之設立，將培育優質之毒理學研究人才，針對台灣特有好發的毒理相關疾病發生率，提供相關研究範疇所需之互動平台，並提升研究能量及學術品質。